Заметные изменения в жизни эстонских поселений произошли в связи с первой мировой войной (1914-1918 гг.), гражданской войной в России (1918-1920 гг.) и большевистским переворотом в 1917 г. Мужчин мобилизовали как на первую мировую, так и на гражданскую войну. Во время гражданской войны больше всего пострадали деревни, которые располагались близ фронта (Красной Армии и войск адмирала Колчака) и которые разорялись попеременно карательными отрядами «красных» и «белых». Во многих местах действовали партизанские отряды. Кровавые столкновения произошли, например, в Рыжково, Эстонии (Красноярский край), Верхнем Суэтуке. По воспоминаниям деревенских жителей, в Суэтуке в это время сгорело двухэтажное школьное здание эстонского прихода. В 1918-1921 годах в России проводилась политика военного коммунизма — национализировали среднюю и малую промышленность. В эстонских деревнях отчуждали мельницы и молотильные машины, конфисковывали продовольствие и пр.
Многие из эстонцев вернулись на родину после завоевания Эстонией независимости. По условиям мирного договора между Эстонской Республикой и РСФСР, заключенного 2 февраля 1920 г., российские жители эстонского происхождения могли в течение одного года вернуться в Эстонию, т.е. оптироваться. Желающих было много, так как люди разочаровались в возможности развития России и с надеждой смотрели на свободную Эстонию. Оптация и обратное переселение сопровождались несколькими проблемами, в частности конфликтами между государственными учреждениями России и Эстонии, ведавшими вопросами оптации. Существуют сведения об ограничении прав оптантов, изъятии их имущества и даже о расстрелах и высылке в трудовые лагеря. Российская сторона обвиняла эстонскую контрольно-оптационную комиссию в превышении своих прав и самовольном принятии на себя консульских функций. Переезд в Эстонию и, в особенности, перевоз своего имущества был связан с большими трудностями. Михкель Бах из деревни Эстоно-Семеновка выехал 22 декабря 1922 г. и прибыл на место только в феврале 1923 г. Несмотря на сложности, 10 790 человек из Сибири, включая военнопленных и беженцев, использовали процедуру оптации для получении гражданства Эстонии. Среди прочих уехали многие кистеры – школьные учителя и пасторы. Население в сибирских поселениях сократилось на 6,5 тысяч человек. В то же время в Сибирь попали беженцы из Эстонии и из европейской части России. После этого граница с Эстонией закрылась практически до 1940 г., когда Советский Союз аннексировал Эстонскую Республику.
В 1920-е годы произошли новые перемены. В 1925 г. были проведены перевыборы сельсоветов. Были созданы национальные сельсоветы, в один сельсовет входили одна или несколько деревень, где делопроизводство велось на родном языке. В деревнях вербовали людей вступать в коммунистическую партию (Российская коммунистическая партия (большевиков)) и в комсомол, проводили агитационно-пропагандистские мероприятия. Народные дома и церкви превращались в клубы или вообще сносились, библиотеки превращались в избы-читальни, открывались красные уголки.
Многие из эстонцев вернулись на родину после завоевания Эстонией независимости. По условиям мирного договора между Эстонской Республикой и РСФСР, заключенного 2 февраля 1920 г., российские жители эстонского происхождения могли в течение одного года вернуться в Эстонию, т.е. оптироваться. Желающих было много, так как люди разочаровались в возможности развития России и с надеждой смотрели на свободную Эстонию. Оптация и обратное переселение сопровождались несколькими проблемами, в частности конфликтами между государственными учреждениями России и Эстонии, ведавшими вопросами оптации. Существуют сведения об ограничении прав оптантов, изъятии их имущества и даже о расстрелах и высылке в трудовые лагеря. Российская сторона обвиняла эстонскую контрольно-оптационную комиссию в превышении своих прав и самовольном принятии на себя консульских функций. Переезд в Эстонию и, в особенности, перевоз своего имущества был связан с большими трудностями. Михкель Бах из деревни Эстоно-Семеновка выехал 22 декабря 1922 г. и прибыл на место только в феврале 1923 г. Несмотря на сложности, 10 790 человек из Сибири, включая военнопленных и беженцев, использовали процедуру оптации для получении гражданства Эстонии. Среди прочих уехали многие кистеры – школьные учителя и пасторы. Население в сибирских поселениях сократилось на 6,5 тысяч человек. В то же время в Сибирь попали беженцы из Эстонии и из европейской части России. После этого граница с Эстонией закрылась практически до 1940 г., когда Советский Союз аннексировал Эстонскую Республику.
В России приступили к восстановлению разрушенной экономики при помощи новой экономической политики (НЭП). Эта политика способствовала мелкому частному предпринимательству, что хорошо подходило к хуторской системе эстонских поселенцев. Экономическая жизнь оживилась. Ко второй половине 1920-х годов в хозяйствах было в среднем 2-4 лошади, 3-5 телят, 1-2 сельскохозяйственные машины (количество варьировалось в зависимости от конкретной семьи и поселения). Еще более активно шла организация кооперативов, их создавали вместе с деревенскими магазинами в целях лучшего размещения своих товаров, также организовывались молочные кооперативы и товарищества для покупки более производительной сельскохозяйственной техники. В 1923 г. в Сибири всего действовало 47 зарегистрированных кооперативов, однако поскольку официальная регистрация была сложной, то в действительности их могло быть еще больше.
В культурной жизни и образовании начался противоречивый период. Либерализировалась языковая и культурная политика. 31 октября 1918 г. Народный комиссариат РСФСР по народному образованию издал постановление, установившее право национальных меньшинств на образование на родном языке. Увеличилось число школ (по различным данным в это время в Сибири было свыше 60 школ), в каждом более крупном эстонском поселении имелась возможность учиться на эстонском языке. В 1930-х годах было введено общее четырехлетнее обязательное школьное образование. Учителей, способных преподавать на эстонском языке, стали готовить в Эстонском педагогическом техникуме и в Педагогическом институте им. Герцена в Петрограде, а также на краткосрочных курсах. Для школ с эстонским языком обучения в России стали издавать учебники на эстонском языке, поскольку использование выпущенных в Эстонии учебников запретили с 1924 г. Расположенные в Ленинграде издательства «Külvaja» («Сеятель») и, позднее, Государственное издательство учебной и педагогической литературы систематически снабжали школы учебниками. Так, в период с 1918 г. по 1940 г. вышло в общей сложности 49 азбук, хрестоматий и тетрадей с упражнениями и 20 учебников эстонского языка. Учебники по географии и другим предметам переводились. В Сибири выходили эстонские газеты «Siberi Tööline» («Сибирский рабочий»), «Siberi Teataja» («Сибирский вестник») и др., читали также периодическую печать и книги, издававшиеся в Ленинграде. С точки зрения содержания печатная продукция этого периода была разного уровня и уже пропитана новой идеологией.
Школьные учителя из эстонцев развивали культурную жизнь в деревне, ставили пьесы, руководили духовыми и струнными оркестрами и певческими хорами. В нескольких местах (Вамбалы, Розенталь) проходили народные праздники, объединявшие несколько поселений.
Хотя школьное обучение обслуживало нужды советской идеологии, образование на эстонском языке, активная культурная жизнь и возможность жить в эстоноязычной среде своего поселения стали одной из причин, почему поселения эстонцев в Сибири сохранились до настоящего времени.
В конце 1920-х гг. в некоторых поселениях на короткий период возникли коммуны, вступление в которые было добровольным. Коммунары обобществляли все свое имущество и питались бесплатно в общей столовой.
По данным переписи населения 1926 г., в Сибири жило 29 890, а на Дальнем Востоке 2132 человека, считавших эстонский язык родным.