В середине 1980-х годов в России началась демократизация, в 1991 г. распался Советский Союз. Перешли к рыночному хозяйству. Так, в настоящее время на селе существуют различные формы хозяйствования (акционерные общества, товарищества, кооперативы, колхозы, фермеры и пр.). Сельским жителям вернули землю, они имеют право потомственно пользоваться своим т.н. «земельным паем». Часто свои земли предлагаются в пользование артелям за натуральную плату (зерно, мясо, вспашка огородов).
В настоящее время положение в российских деревнях сложное. Лучше идут дела у тех, кто смог основать свое предприятие или нашел оплачиваемое место работы. Многие эстонцы держат хутор, например, Эрнст (Эрни) Лелл в Верхнем Суэтуке, Александер Леэр в Верхней Буланке и др. В деревне Розенталь из прежнего хозяйственного отдела была создана отдельная артель, руководит которой односельчанин Пауль Боселенко. Некоторые люди начали и иное предпринимательство, например, в деревнях имеются как частные, так и государственные магазины. Часто средства к существованию получают от продажи продуктов, полученных из своих хозяйств. Деньги получают также из пенсий и от государственной работы в социальной сфере (учителя, почтальоны и др.). Для содержания медицинских пунктов, клубов, библиотек, а также школ денег часто не хватает, и они закрываются. Так, Галина Леэр организует в деревне Верхняя Буланка клубные мероприятия, оказывает первую медицинскую помощь из личного энтузиазма, деньги ей за это не платят.
В связи с безработицей и экономической ограниченностью средств часть семей все же вернулась в родные деревни. Возвращаются, например, из промышленных городов Казахстана (Петропавловск, Павлодар и др.), где рабочих сократили.
Однако изменения произошли в культурной жизни и сфере образования. В 1990 г. в государстве была восстановлена свобода вероисповедания. Восстанавливаются православные церкви. Приход диаспоры Верхнего Суэтука входит в состав Эстонской евангелической лютеранской церкви. С 1991 г. поселение посещает пастор из Эстонии (Яанус Ноормяги, позднее Пеэтер Калдур). Их приезд всегда очень ожидается. Также в приходы Верхнего Суэтука, Верхней Буланки и Рыжково приезжают читать проповеди представители Ингерманландской евангелической лютеранской церкви. Во всех деревнях бывают также миссионеры всех других религиозных движений, распространенных в России.
Предпринят ряд попыток обучения детей эстонскому языку, поначалу самими местными жителями (в Березовке, Верхнем Суэтуке). В восьмилетней школе в Верхнем Суэтуке эстонский язык преподает с 2000 г. учительница из Эстонии, в 2000/2001 учебном году Пирет Тоомет, с осени 2001 г. – Айри Лаури. Зарплату платит и проездные расходы оплачивает Министерство образования Эстонской Республики. Местные учителя, особенно в деревнях с южноэстонским диалектом, считают обучение на современном эстонском языке слишком трудным. В городе Красноярске создано Красноярское эстонское общество, где также обучают эстонскому языку. В Березовке действует культурный центр, где поют эстонские песни, танцуют народные танцы и отмечаются эстонские праздники. При Хайдаской школе в 1991 г. был создан сельский музей, запланирована постройка молельни. В деревне Цветнополье в 1989 г. состоялся фольклорный фестиваль «Балтика».
После восстановления независимости Эстонской Республики с Эстонией общаются, однако визовый режим между двумя государствами и нехватка денежных средств значительно уменьшили число посещений. В Эстонии отсутствует единая государственная политика, касающаяся эстонцев в России. Так, названа возможность получить гражданство Эстонии на равных с другими иностранцами основаниях. В то же время именно в данный момент для сохранения национального чувства для сибирских эстонцев очень важны память и поддержка со стороны Эстонии. Существенно на дельнейшую судьбу и идентитет сибирских эстонцев влияет также национальная политика России.
Хотя в общем продолжается опустение маленьких эстонских деревень и старение населения в деревнях, подъем самосознания и поиск своих корней привели молодежь обратно к культуре и языку предков. Эстонский язык и дух нашли для себя снова и те, кто вырос в русскоязычной среде, слышали в детстве эстонский язык или обнаружили для себя эстонский язык, будучи взрослыми. Поэтому опустение деревень и отсутствие молодежи в них не означает исчезновения эстонцев и эстонского языка в Сибири. Возникнут новые формы: языковые курсы, эстонские общества и др., где можно будет встречаться с другими эстонцами и находить или укреплять свое национальное чувство.
По данным переписи населения 2002 г. в России, в Сибири проживает 11400 эстонцев. Прежних эстонских поселений, где в большей или меньшей степени проживают эстонцы, можно насчитать в настоящее время в Сибири почти 40.