Keerulised olid II maailmasõja aastad (1939–1945). Mobiliseeriti küladesse jäänud täisealisi meesterahvaid, kuid sõtta võeti ka nooremaid poisse. Mitmed mehed teenisid Nõukogude armee Eesti Laskurkorpuse koosseisus. Nooremaid naisi ja mehi saadeti tööle sõjatööstustesse. Külades oli kõrgete maksude tõttu nappus toidust, aga ka töökätest.
1940. aastal annekteeriti Eesti Vabariik Nõukogude Liidu poolt. Eestist jõudsid seejärel Siberi küladesse esimestena evakueeritud ja tagalasse taastuma saadetud haavatud, kes võtsid aktiivselt osa eestikeelsest külaelust. 1941. ja 1949. aastal Eestist küüditatuid Siberi eesti asundustesse ei määratud, küll aga mitmesse eestlaste asupaikade lähedal asuvasse külla, näiteks Karatuzi, Tatarski, Assino rajooni. Teatavasti viidi suuremad küüditamised läbi 14. juunil 1941. aastal ja 25. märtsil 1949. aastal, kui Siberisse, aga ka Kasahstani, Baškiiriasse ja mujale Nõukogude Liidu ida-aladele küüditati vastavalt 10 000 ja 20 722 süütut inimest. Mehed paigutati eeskätt töölaagritesse, kus paljud neist hukkusid. Naised-lapsed-vanurid pidid hakkama saama Siberi vaestes külades ja kolhoosides. Valdav osa ellujäänuid pöördus pärast rehabiliteerimist 1950. aastatel Eestisse tagasi.
Muutus eesti külade elanikkonna koosseis. Mitmesse külla lisandus teistest rahvustest inimesi, nt Volgamaa sakslasi. Sõjal ja sellega seotud sündmustel on oluline roll eestlaste tagasirände vallandamisel. Sõja lõppedes jäid paljud mehed paremaid elutingimusi otsides Eestisse, neid värvati sinna ka tööle. Mitmed sõja ajal Siberisse evakueeritud olid külades abiellunud ning tagasi pöördudes võtsid kaasa oma perekonna. Alates 1940. aastast hakkas Nõukogude Liidust eestlasi Eestisse siirduma ka tööle suunamiste kaudu. Venemaa eestlasi saadeti sageli käsu korras õppima parteikoolidesse ning suunati Eestisse majandijuhtideks ning parteitöötajateks. Aastatel 1945–1947 muutus tagasiränne massiliseks, kogu Nõukogude Venemaalt asus aastatel 1940–1949 Eestisse elama kokku 24 000–25 000 eestlast.
Sõjajärgsel nõukogude ajal (1940. aastate II pool–1990) mõjutasid Siberi eestlaste külade elu erinevad tegurid. Eestlaste arv kahanes küladest väljarände ning assimilatsiooni tulemusena. Nii on selle aja märksõnadeks linnastumine ja kakskeelsus, aga ka jätkuv eesti keele kasutamine külades koduse ja omavahelise suhtluskeelena.
Küladest lahkumisele andsid tõuke repressioonid ning pettumine valitsevas olukorras. Sõjajärgne aeg suurendas rahulolematust veelgi. Kuigi kogu Nõukogude Venemaal kehtis toidu- ja tööstuskaupadele talongisüsteem, kolhoosid kiratsesid ning individuaalmajapidamine polnud lubatud, olid Siberi olud keskmisest viletsamad ning paranesid aeglasemalt. Siberi elatustase oli võrreldes Vene Euroopa-osaga madalam, ka hiljem käidi mitmeid tööstuskaupu (mööblit, lasteriideid jm) ostmas Eestist. Paljud koolid muudeti algkoolideks, hiljem taastati 8-klassilised koolid suuremates külades: Ülem-Suetuk (Krasnojarski krai), Vambola, Kaseküla (Tomski obl) jm; kohustuslik 8-kl haridus kehtestati 1958. aastal. Sel ajal suunduti massiliselt Siberi küladest Eestisse, eriti tegi seda ajavahemikul 1911–1930 sündinute põlvkond, kes sai eestikeelse hariduse ning tahtis jääda eestlaseks.
1950. – 1960. aastatel liideti rida väiksemaid kolhoose ja külanõukogusid. Mitmed külad kuulutati arenguväljavaadeteta, nn perspektiivituteks. Üks osa eesti asundustest tühjenes lõplikult (Suur- ja Väike-Selim Omski obl, Kaseküla ja Aruküla Novosibirski obl jt). Teised kaotasid oma kultuurilise ja majandusliku sõltumatuse. Mariinski rajooni Koidula ja Jurjevi külas asus algselt kummaski oma kolhoos. Seejärel kuuluti ühisesse Koidula külanõukogusse ning Rodina kolhoosi. 1961. aastal ühendati vene elanikkonnaga külad Malõi- ja Bolšoi-Antibes ning nimetatud eesti külad Avangardi kolhoosiks ning Bolšoi-Antibesi külanõukoguks. Kolhoosikeskusesse Mariinskis ning külanõukogukeskusesse Malõi-Antibesis ehitati maju, Jurjev ja Koidula aga jäid rahvast järjest tühjemaks.
Samal ajal suurenes heade arenguvõimalustega nn perspektiivsete eesti asulate elanikkond, seda nii eestlaste kui teiste rahvaste arvel. Kaugematest eestlaste elupaikadest suunduti majanduslikult paremal järjel olevatesse (Tara piirkonna küladest Tsvetnopoljesse ja Zolotaja Nivasse; Nikolajevkast Oravasse ja Zolotaja Nivasse jne), väiksematest ja tühjenevatest suurematesse (Lindast Kasekülla, Novikovkast Jurjevisse).
Neisse asulatesse lisandus ka teistest rahvustest elanikke ning selle tulemusena jäid eestlased mitmes külas vähemusse. Zolotaja Nivas, endises (lõuna)eestlaste elukohas, langes näiteks eestlaste osatähtsus 1980. aastatel 35 protsendini. Vambolasse Kingissepa nim ja Kasekülla Iskra kolhoosi (mõlemad Tomski obl) lausa meelitati tööjõu puudumise tõttu kolima teiste rahvuste esindajaid (venelasi, tšuvašše jt). Nii jäi Kasekülla 39%, Vambolasse 50% eestlasi. Pärast ühismajandite lagunemist ja uusasukatele tehtud soodustuste kaotamist 1990. aastatel lahkus küladest ka osa kampaania korras tööle värvatud inimestest.
Eelkõige suuremates asulates paranesid alates 1960. aastate lõpust tasahaaval majandusolud. Alanud sulaperiood ning NLK(b)P peasekretäri Nikita Hruštšovi reformid vähendasid senist detsentraliseeritust ning laiendasid kohalike juhtide otsustamisõigust. Suuremad eesti asundused muutusid arenenud sovhoosi- ja kolhoosikeskusteks, kuhu koondati tootmine, ehitati uusi elamuid, rajati kaasaegsed teed ja infrastruktuur. Moodustati sovhoose (nt 1961. aastal Zolotaja Nivas). Ka kolhoosides hakati maksma rahapalka ning viidi sisse õigus pensionitele, pensionärid said soodustusi. Kõikjal maal avati velskripunkte, pandi käima autobussiliinid rajoonikeskustesse. Tõusis inimeste elujärg. Pea igasse peresse ilmus televiisor, külmkapp, hiljem tekkis võimalus ka sõiduautode hankimiseks. Hulk maainimesi töötas majandis: naised enamasti põldudel ja farmides, mehed mehhaanikutena. Tööd pakkusid ka koolid, poed, sidejaoskonnad, velskripunktid jm. Lisasissetuleku saamiseks panustati majanditöö kõrvalt oma majapidamistesse.
Külad tühjenesid endiselt. 1950.–1960. aastatel ja järgnevatel aastatel sündinud põlvkonnast oli kodukohast lahkujaid 60–80%. Enamik valis elukohaks linna. Nii on maarahvastiku osakaal Siberi eestlaste, nagu ka teiste Venemaa rahvaste hulgas jätkuvalt kahanenud. Linnad pakkusid noortele edasiõppimisvõimalust, paremaid elamis- ja töötingimusi. Rännati kohalikesse linnadesse ja asulatesse, aga ka mujale üle kogu Nõukogude Liidu. Vähesel määral tuldi ka Eestisse. Siberi eestlaste arv on külades sestpeale ainult kahanenud. Kaardilt kadusid Novikovka, Makarkino, Baltika. Osa Kani-äärseid külasid Krasnojarski krais likvideeriti, kui sinna ehitati salastatud ja suletud linn, praeguse nimega Zelenogorsk.
1970. aastate stagnatsiooniga süvenes venestamine. Kuigi kooliõpetus oli venekeelne, töötasid kodukohas pedagoogikakoolides õppinud oma küla inimesed, kes suhtlesid lastega osalt ka eesti keeles (Nikolajevkas Raissa Menskaja, Kasekülas Herman ja Olga Reile, Vambolas Evald Voormann jt). Üldiselt aga pigem tauniti eesti keele kasutamist, koolides võis see olla ka keelatud.
Vastukaaluks ühtlustumisele tekkisid üle kogu Nõukogude Liidu rahvakunsti- ehk folklooriansamblid (nt Omski oblasti külades Tsvetnopolje, juhendaja Linda Tsirk; Zolotaja Niva, juhendaja Ida Hõim; Novosibirski oblasti Oravakülas, juhendaja Tamara Kivi). Paatosliku rahvaste sõpruse sildi all oli neil võimalik tegutseda klubide alluvuses. Muretseti eesti rahvariideid, lauldi eesti laule, käidi väljaspool küla esinemas.
Kasekülas ja Ülem-Suetukis harrastati puhkpillimängu, Suetuki puhkpilliorkester tegutseb tänini. Kasekülas, Zolotaja Nivas ja Liflandias loodi külamuuseumid, samuti leidus külaraamatukogudes eestikeelseid raamatuid. Siiski taandus kogu eestikeelne ja -meelne elu koju ja kodukülla.
Rahvustunde hoidmisel sai oluliseks perekonna ja küla osa. Näiteks tellis Lilliküla mees Juhan Linde Eestist mitut ajalehte ja ajakirja ning õpetas eesti keelt oma kümnele lapsele. Väikestes, kuid eestlastest koosnevates külades üleskasvanud lapsed oskavad tänini emakeelt, mitme-rahvuseliste asulate lastel oli elades venekeelses keelekeskkonnas raskem emakeelt säilitada.
Sidemed Eestiga tihenesid eeskätt isamaale elama asunud sugulaste tõttu. Eestist hakati taas tellima ajakirjandust (Rahva Hääl, Kodumaa, Nõukogude Naine jm). Mõnest suguvõsast käidi vastastikku külas pea igal aastal.
Venestamine, sh venekeelne kooliharidus, tihedam suhtlemine teiste rahvaste liikmetega koolides, ühismajandites ja külanõukogudes soodustas abiellumist mitte-eestlastega ning üleminekut vene keelele. Linnades, venekeelses töö- ja elukeskkonnas oli eriti raske jääda eestlaseks, osa eestlasi ei pidanud seda ka oluliseks. Sõjajärgsed põlvkonnad muutusid kakskeelseteks. Osa noori enam eesti keelt ei räägi.
1980. aastate teisel poolel valdas Siberi eestlastest (kaasa arvatud linnades elavad eestlased) vabalt eesti keelt 46,3 %, neist 37,5 % küll rääkis, aga ei osanud eesti keeles lugeda ega kirjutada.
1970. – 1980. aastaid hindavad inimesed elatustaseme tõusu ja stabiilse, muutumatu olukorra tõttu heaks ajajärguks. Kuid just selleaegsed meetmed: väikeste külakeste hävitamine, noorte väljarändamine maalt, järjekindel venestamine laostasid eestlaskonna nö hingeliselt. Kui eelmistel aastakümnetel kahanes eestlaste arv seoses hukkumistega sõjas ja massirepresseerimistes, siis 1970. ja 1980. aastail kasvas mõnevõrra sündivus, kuid nende arv, kes end eestlaseks pidasid, järjest vähenes.
Eestlasi elas Siberis 1979. aastal 21 869.