1988. aastate keskel algas Venemaal demokratiseerumine, Nõukogude Liit lagunes 1991. aastal. Mindi üle turumajandamisele. Maal tekkisid erinevad majandamisvormid (aktsiaseltsid, ühistud, kooperatiivid, kolhoosid, üksiktalupidajad ehk farmerid jm). Külaelanikud said igaüks oma maaosaku, täpsemalt õiguse oma nn maaosakut põliselt kasutada. Kuna enamikul puudusid maaharimiseks vajalikud tööriistad, külades oli palju eakaid inimesi, andis suurem osa inimestest oma maa naturaaltasu (nt vilja, liha, aiamaa kündmise) eest ühistute kasutada.
Olukord Venemaa külades muutus keeruliseks. Paremini läks neil, kes olid suutnud oma ettevõttele jalad alla saada või leidnud tasustatava töökoha. Mõned hakkasid talu pidama, nt Ernst (Ärni) Lell Ülem-Suetukis, Aleksander Leer Ülem-Bulankas jt. Üheks laiema haardega eestlasest ettevõtjaks piirkonnas sai Ülem-Bulanka külast pärit Jaan (Ivan) Brammann, kes lisaks umbes 2000 ha haritavale maale avas oma poed ja pagaritöökoja. Rosentali külas moodustati endisest majandi osakonnast omaette artell, juhatajaks omakülamees Paul Boselenko. Üksikud alustasid ka muu eraettevõtlusega, näiteks tekkis küladesse nii era- kui riigikauplusi. Paljud elatusid oma majapidamissaaduste müügist. Osa inimesi sai elatist teenida riigitööl kultuuri- ja sotsiaalsfääris (õpetajad, postiljonid jt), eakatele oli abiks igakuine pension.
Majandusliku kitsikuse tõttu soikus ühiskondlik ja seltsielu. Arstipunktide, klubide, raamatukogude, aga ka koolide ülalpidamiseks nappis paljudes piirkondades raha ning osa neist suleti. Nii hakkas Galina Leer Ülem-Bulanka külas isiklikust entusiasmist ja tasuta klubiüritusi korraldama ja esmast arstiabi andma.
Seoses tööpuuduse ning majandusliku kitsikusega linnades naasis osa perekondadest koduküladesse. Tagasi külla tuldi Siberi suurlinnadest, aga ka tööstusettevõtete pankrotistumise ja tööliste koondamise tõttu näiteks Kasahstani tööstuslinnadest (Petropavlovsk, Pavlodar jm).
Muutused toimusid ka kultuuri- ja hariduselus. 1990. aastal taastati riigis usuvabadus. Palju tähelepanu pöörati õigeusukirikute taastamisele. Ülem-Suetuki diasporaakogudus kuulub Eesti Evangeelse Luterliku kiriku koosseisu. Alates 1991. aastast hakkas kord või paar aastas (jaanipäeva, võimalusel ka jõulude paiku) asundust külastama kirikuõpetaja Eestist (nt Jaanus Noormägi, Peeter Kaldur). Eesti pastori tulekut oodati väga. Ülem-Suetuki ja Ülem-Bulanka ning Rõžkovo kogudustes hakkasid käima perioodiliselt teenistusi pidamas ka Ingeri Evangeelse Luterliku Kiriku esindajad. Külades võis kohata ka teiste Venemaal levinud usuliikumiste misjonäre.
Korduvalt prooviti lastele taas eesti keelt õpetada, 1990. aastail kohalike elanike endi poolt (Kasekülas, Ülem-Suetukis). Ülem-Suetuki kooli saadeti 2000. aasta sügisel eesti keele õpetaja Piret Toomet Eestist. Järgmisest õppeaastast, 2001. aasta sügisest hakkas õpetaja-ametit pidama Airi Lauri. Õpetaja palga ning sõidukulud tasus Eesti Vabariigi Haridusministeerium.
Kui Eesti Vabariigi finantstoel hakati Siberi eestlastele emakeelt õpetama, oli selleks paljude Siberi eesti külade jaoks juba hilja. Mitmes külas, kus leidus veel noori ja tegutses ka kool, pidasid kohalikud õpetajad eesti keele õpetamist ületamatult raskeks. Seda eriti lõunaeestikeelsetes külades, kus kõnekeel erineb kirjakeelest tuntavalt.
Seevastu Krasnojarski linnaeestlastel tekkis võimalus eesti kultuurist osa saada – tegutsemist alustas Krasnojarski Eesti Selts, mis registreeriti ametlikult 1992. a veebruaris. Seltsi raames organiseeriti ka eesti keele kursusi.
Kasekülas hakkas 1996. aastal tegutsema Eesti kultuurikeskus, mis polnud küll ametlikult registreeritud selts. Noortele õpetati eesti laule ja rahvatantse ning koos tähistati eesti pühi ja tähtpäevi. Koostöös Tomski rahvaloomingu keskusega osaleti piirkondlikel folkloorifestivalidel jm üritustel, kus eestlased said tutvustada oma kombeid ja tavasid.
Kuigi jätkus väikeste eesti külakeste tühjenemine ning elanikkonna vananemine, tõi eneseteadvuse tõus ning oma juurte otsimine noori tagasi esivanemate kultuuri ja keele juurde. Mitmel Siberi eestlaste külal täitus 1990. aastail 100 aastat küla asutamisest, näiteks 1995. aasta suvel tähistati Zolotaja Niva küla 100. aastapäeva, 2000. aastal peeti juubelitähtpäeva Haida külas. Eesti keele ja meele leidsid enda jaoks uuesti ka need, kes üles kasvanud venekeelses keskkonnas, kuulnud lapsepõlves eesti keelt või avastanud eesti keele võlu täiskasvanuna. Seega ei tähendanud külade tühjaksjäämine ja noorte koondumine suurematesse keskustesse veel eesti keele kadumist Siberis.
Tekkisid uued nähtused: keelekursused, eesti seltsid jm, kus teiste eestlastega kohtuda ning oma rahvustunnet leida või tugevdada. Seetõttu on rahvustunde alalhoidmiseks Eesti-poolne meelespidamine ja tugi Siberi eestlastele olnud väga tähtis. Oluliselt on Siberi eestlaste edasist saatust ja identiteeti mõjutanud ka Venemaa rahvuspoliitika.
Alates 2000. aastast alustati Eestis Eesti Vabariigi Haridus- ja Teadusministeeriumi ja Integratsiooni Sihtasutuse finantsilisel toel eesti keele- ja kultuurilaagrite korraldamist Venemaal elavatele eesti päritolu lastele. Alates 2002. aastast toetatakse Rahvuskaaslaste programmi toel Venemaal elavate eestlaste õppimist Eesti kõrgkoolides.
Pärast Eesti Vabariigi taastamist on Eestiga küll lävitud, kuid kahe riigi vaheline viisarežiim ning majandusolud on külaskäike võrreldes nõukogude ajaga tublisti vähendanud. Eestis ei ole ühtset riiklikku Venemaa eestlasi puudutavat poliitikat. Eesti kodakondsus on võimalik saada teiste välismaalastega võrdsetel alustel, muuhulgas tuleb sooritada keeleeksam. Viimane tundub eestikeelses kogukonnas üles kasvanud ning end eestlasteks pidavatele inimestele nende väärikust riivavana.
Venemaa 2002. aasta rahvaloenduse andmetel elas Siberis 11 400, Kaug-Idas 986 eestlast. 21. sajandi alguseks oli Siberis umbes 40 eesti kogukonda, suurusega paarikümnest inimesest kuni mõnesajani.