Märgatavalt muutsid eesti asunduste jalgu alla saanud elu I maailmasõda (aastatel 1914–18), Venemaa kodusõda (1918–22) ning enamlaste riigipööre 1917. aastal.
Nii maailmasõtta kui kodusõtta mobiliseeriti meesterahvaid. Kodusõjas said enim kannatada rinnete (Punaarmee ja Admiral Koltšaki väed) lähedal asunud külad, mida rüüstasid vaheldumisi punaste ja valgete karistussalgad. Verised kokkupõrked leidsid aset nt Rõžkovos, Estonias (Krasnojarski krai), Ülem-Suetukis. Suetukis põles sel ajal külaelanike mälestuste järgi ära ka kahekordne eesti koguduse koolimaja.
Aastail 1918–1921 teostati Venemaal sõjakommunismi poliitikat: natsionaliseeriti kesk- ja väiketööstus. Eesti külades võõrandati veskeid ja viljapeksumasinaid, võeti ära toiduaineid jm. Mitmel pool tegutsesid partisanisalgad.
Pärast Eesti iseseisvumist naasis osa eestlasi kodumaale. Eesti Vabariigi ja Vene Föderatsiooni vahelise rahulepingu (2. veebruar 1920) järgi said Venemaal elavad eesti päritolu inimesed õiguse ühe aasta jooksul asuda elama Eestisse, nn opteeruda. Soovijaid oli palju, kuna oldi pettunud Venemaa arengus ning vaadati lootusrikkalt vaba Eesti poole.
Opteerumine ja tagasiränne olid seotud mitmete probleemidega, näiteks konfliktidega Eesti ja Vene opteerumist korraldavate ametkondade vahel. On andmeid Venemaa-poolsest optantide õiguste piiramisest, vara konfiskeerimisest, koguni naasta soovinute mahalaskmistest ja töölaagritesse saatmistest. Eesti kontroll-opteerumiskomisjoni süüdistati oma volituste ületamises, endale konsulaadiõiguste võtmises. Reisimine Eestisse ning eriti vara kaasavõtmine oli raskendatud. Mihkel Bach Togutšini lähistel asuvast Estono-Semenovka külast asus perega teele 28. detsembril 1922, kohale jõuti 1923. a veebruaris.
Siiski opteerus Siberist Eesti kodakondsusesse kokku 10 790 inimest, nende seas sõjavange ja -põgenikke. Teiste hulgas lahkusid mitmed köster-kooliõpetajad ja kirikuõpetajad. Rahvaarv Siberi asundustes vähenes 6,5 tuhande inimese võrra. Samal ajal lisandus Siberisse põgenikke Euroopa-Venemaalt ja Eestist. Seejärel pea sulgus piir Eestiga kuni 1940. aastani.
1920. aastad tõid uusi tuuli. Riigikorra vahetus esmalt veel eestlaste maavaldusi ei muutnud. 1925. a viidi läbi külanõukogude ümbervalimised. Loodi rahvuslikud külanõukogud, ühte külanõukogusse kuulus üks või mitu küla, kus asjaajamine käis emakeeles. Külades värvati inimesi astuma kommunistlikku parteisse (Venemaa Kommunistlik (bolševike) Partei) ning kommunistlike noorte organisatsiooni, korraldati agitatsioonilis-propagandistlikke üritusi. Osa seltsimajadest ja kirikutest lõhuti, teistest said klubid; raamatukogud muudeti lugemistaredeks, avati punanurgad.
Venemaal asuti 1921. a laostunud majandust taastama uue majanduspoliitika (NEP) alusel. See soosis eraviisilist väikeettevõtlust, kus talupojad võisid riigile sundmüümise kohustusest üle jäänud põllumajandussaadusi turustada. Eesti asunike hajali paiknevate üksikmajapidamistega sobis see hästi. Majanduselu läks tõusuteed. 1920. aastate teiseks pooleks oli majapidamistes olenevalt perest ja asundusest keskmiselt 2–4 hobust, 3–5 veist, 1–2 põllutöömasinat. Ühistegevus hoogustus veelgi, kaupade paremaks turustamiseks loodi kooperatiive oma külapoodidega, piima- ja masinaühistuid suuremate põllutöömasinate ostmiseks. 1923. a tegutses Siberi eesti asundustes kokku 47 registreeritud ühistut, kuid kuna ühistu ametlik vormistamine oli keerukas, võis neid tegelikkuses olla veelgi rohkem.
Vastakas ajajärk algas kultuuri- ja hariduselus. Keele- ja kultuuripoliitika kujundati liberaalsemaks.
31. oktoobril 1918. aastal anti Nõukogude Venemaa Rahvahariduse Rahvakomissariaadi poolt välja määrus, mis sätestas vähemusrahvuste õiguse emakeelsele kooliharidusele. Eesti koolide arv suurenes (erinevatel andmetel oli sel ajal Siberis üle 60 kooli), igas suuremas eesti asunduses oli võimalus eesti keeles õppida. 1930. aastatel kehtestati üldine 4-aastane kohustuslik kooliharidus. Eesti õpetajaid valmistati ette Eesti Pedagoogilises Tehnikumis, Herzeni-nim. Pedagoogilises Instituudis Petrogradis (Leningradis) ning lühiajalistel kursustel.
Venemaal paiknevatele eesti koolidele hakkasid eestikeelseid õpikuid trükkima Leningradi kirjastused Külvaja ning hiljem Riiklik Õppe- ja Pedagoogiline Kirjastus, kuna Eestist toodud õpikute kasutamine keelati 1924. aastal. Siberis ilmusid eesti ajalehed Siberi Tööline, Siberi Teataja jt, loeti ka Leningradis ilmuvat perioodikat (nt Edasi) ning raamatuid. Alates 1918. aastast ilmus Nõukogude Venemaal üle tuhande eestikeelse raamatu ja brošüüri. Sisult oli selleaegse kirjasõna tase ebaühtlane ja kandis juba uut ideoloogiat.
Eestlastest kooliõpetajad olid külade kultuurielu eestvedajad: õpetasid näitemänge, juhatasid pasuna-, keelpilli- ja laulukoore. Mitmel pool (Vambolas, Rosentalis, Ivanovkas) toimusid asunduste ühised rahvapeod.
Kuigi kooliõpetus ja kultuurielu olid nõukoguliku ideoloogia teenistuses, oli tolleaegne eestikeelne haridus, aktiivne kultuurielu ja võimalus elada oma eestikeelset asundusesisest elu, üheks Siberi eesti asunduste püsimise põhjuseks. 1926. a rahvaloenduse andmetel oli Siberis 29 890, Kaug-Idas 2132 eesti emakeelega inimest.
1920. aastate lõpus tekkisid mõnesse asundusse lühikeseks perioodiks kommuunid ning põllumajandusartellid, kuhu astumine oli vabatahtlik. Kommuunis kasutati oma liikmete annetatud vara ühiselt, söödi tasuta ühissööklas.
1930. aastatel jäigenes poliitiline režiim ja tugevnes ideoloogiline surve. See aeg sai kurikuulsaks repressioonide, kolhooside moodustamise, senise asustuspildi muutmise ning eestikeelse haridus- ja kultuurielu keelustamisega. 1930. aastaid tuleb pidada murrangulisteks.
Aastail 1928–1932 hakati sunniviisiliselt moodustama kolhoose ning keelustati üksikmajapidamine. 1939. aastal anti välja korraldus, et krunditaludes ja kuni kümne majapidamisega külakestes tuleb majad kolhoosiasulasse ümber paigutada, et otstarbekamalt kolhoosi maid kasutada. Nii veeti suurematesse küladesse kokku eestlaste hajali paiknevad majapidamised. Väikesed külad ühendati suurematega, vahel ka vene küladega. Selle tagajärjel asus osa eestlasi mujale elama. Nii kadus nt Rõuge küla Tara piirkonnas. Majandusele anti ühismajandite moodustamisega tõsine hoop. Kolhoosidesse sunniti astuma vara konfiskeerimise ja teiste repressioonide kartuses. Arvatakse, et 30–50% varadest hävitati Siberis enne kolhoosiomandisse andmist. 1930. aasta 10. märtsiks oli Siberis kollektiviseeritud juba 52% majapidamistest.
Kolhoosid olid esmalt väikesed, ühes külas võis alguses olla ka mitu kolhoosi (nt Kovaljovo külas oli eestlaste Karl Marxi nimeline ja lätlaste Arajs, eesti keeles Kündja). Tänu eestlaste töökusele jõudis osa kolhoose heade töötulemusteni. Tähelepanu vääriv on Altai krai Estonia külas asunud põllumajandus-tööstusartell Leek. Artellil oli kaks traktorit, kolm GAZ-veoautot, külvimasinad, diiselmootoriga jahuveski, laut sajale lüpsilehmale, kahekorruseline elumaja jm. Artelli tööstuses töötas 150 inimest, metallitöökojas ja valukojas valmistati põllutöömasinate varuosi ning tarbeesemeid (triikrauad, pliidirauad jm). 1929. aastal veeti oma jõujaamast külla elekter. Edukasse Estoniasse asusid elama ka teiste ümberkaudsete eesti külade elanikud, nt Sandai eesti asundus pea täies koosseisus.
Aastaid 1929–1930 ning eriti 1936–1939 võib lugeda eesti asunduste ajaloo julmemateks. Represseerimislaine tabas esmalt kiriku- ja kooliõpetajaid ning jõukamaid külaelanikke, nn kulakuid. Perekondi saadeti külast välja asumisele või võeti neilt ära vara, aeti naised-lapsed majadest välja ning jäeti ilma kodanikuõigustest. Viimane tähendas ka seda, et kulakuid ei võetud kolhoosi tööle ega nende lapsi pärast põhihariduse saamist koolidesse edasi õppima. Siberi piirkonnas tunnistati kulaklikuks 76 334 majapidamist, kokku saadeti Siberi ja Kaug-Ida kraidest asumisele 90 000 inimest. Lääne-Siberi eesti küladest küüditati kuni 15% elanikest.
1930. aastate lõpupoole võis karm saatus tabada juba igaüht. NKVD (Siseasjade Rahvakomissariaat) poolt viidi vangi eelkõige meesterahvad, kellest enamik hukati. Arvatakse, et otseselt kannatas 1930. aastate lõpu represseerimiste all 25–30% elanikkonnast. Repressioonidega astuti otseselt ettevõtlike kolhoosnike ning intelligentsi vastu. Suuremat kahju kannatasid ka Venemaal elavad väikerahvad.
Eesti kolhoosi Valgus liikmed küüditati 1934. aastal Semjonovka külast (Omski obl) täies koosseisus. Mõnest eesti asundusest (nt Estono-Semenovka, Koltsovka, Jurjev ja Koidula) on teateid enamiku 20–40-aastaste meesterahvaste mahalaskmisest. Altai krai Estonia küla 500 eestlasest viidi külaelanike hinnangul eesotsas artelli Leek juhtkonnaga ära 96 inimest. Vambola külast lasti maha 56 meest, kokku elas seal 1920. aastate alguses 765 inimest. Vangistati ka linnades elavaid eestlasi, nt tööstustöölisi ja tudengeid. Täpsed arvud ei ole teada tänini, sest osa arhiiviandmeist pole kättesaadavad, ka teadaolevaid pole piisavalt uuritud. Külades elavad/elanud inimesed on koostanud oma represseeritute nimekirju ning püstitanud neile mälestusmärke, nt Estono-Semenovka ja Koltsovka külaasemele.
Fotod: Estono-Semenovka mälestusmärk küla asutajatele, represseeritutele ja II maailmasõjas hukkunutele. ERA VF 924, 926, 927. Fotod Anu Korb
Üldises kaoses oli aga inimeste liikumise kindlakstegemine raske, sest kinnivõtmise kartuses pageti sageli küladest nii lähematesse linnadesse kui ka Kaug-Itta ja Kasahstani. Normaalne elu külades katkes.
Algas venestamine. 1937./38. õppeaastast viidi kõik eestikeelsed koolid üle vene keelele. Lõpetati vähemusrahvaste kirjanduse trükkimine, külades hävitati eestikeelseid raamatuid. Keelati läbikäimine ja kirjavahetus isamaaga.
Juba 1918. aastal lahutati kirik riigist ja koolist, 1930. aastatel suleti kõik luteri kirikud ning keelati kiriklikud organisatsioonid. Rõžkovo kirik lõhuti, Räpina ja Ülem-Suetuki kirikud muudeti klubideks. Maha võeti kirikukellad ning -tornid. Haida kirik lammutati 1956. aastal.
Kui Estonia küla kool-kirikus peeti esimest korda ilmalik tantsupidu, põhjustas see kohalikes inimestes pahameelt. Luteri kirikuõpetajad pagesid Venemaalt. Külaelanike meenutuste kohaselt viidi võimude poolt ära Ülem-Suetuki kirikus jutlust pidanud Betlem. Usutalitused, laste ristimine ja surnute matmine jäid külaelanike endi õlgadele.
Traditsioonilises kombestikus on tavadel tähtis osa. Sageli täitis varemgi köstri kohuseid keegi külaelanikest, II maailmasõja ajal ja pärast seda oli selleks enamasti naisterahvas. Toimingud olid poolsalajased.
1930. aastate lõpuks kadusid represseerimiste, kollektiviseerimise ja majapidamiste küladesse kokku vedamise tagajärjel mitmed eesti külad (nt Rõuge, Vladimir, Sinimäed, Väikene-Hait). Inimeste otsesele hävitamisele lisaks kadus eestlaste keeleline ja kultuuriline isoleeritus. See oli Nõukogude võimu poliitika otsene samm rahvusrühmade hävitamise suunas.
Siberis elas 1939. aastal 33 577 eestlast.